Бета барел

Бета барел је велика бета раван која је увијена у намотај тако да је у формираној затвореној структури први први ланац водонично везан за последњи. Бета-ланци у бета-барелима су типично распоређени на антипаралелан начин. Барелне структуре су често присутне у поринима и другим протеинима који премоштавају ћелијске мембране, као и у протеинима који везују хидрофобне лиганде унутар барелног центра, на пример у липокалинима. Порину сличне барелне структуре кодира мноштво гена, до 2–3% гена код грам-негативних бактерија.^[1]

У многим случајевима ланци садрже наизменичне поларне и хидрофобне аминокиселине, при чему су хидрофобни остаци оријентисани ка унутрашњости барела и формирају хидрофобно језгро, док су поларни остаци оријентисани ка спољашњој површини барела која је у додиру са растварачем. Порини и други мембрански протеини који садрже бета бареле имају реверзни патерн, тако да су ходрофобни остаци оријентисани ка спољашњости где су у контакту са окружујућим липидима, док су хидрофилни остаци оријентисани као унутрашњости поре.

Бета-барели се могу класификовати на основу два целобројна параметра: броју ланаца у бета-равни, n, и „броја закривљености“, S, мери заношења ланаца у бета-равни.^[2] Та два параметра (n и S) су сродна са углом инкланације бета ланаца релативно на осу барела.^[3]^[4]

Референце уреди

^ Wимлеy, WЦ. (2003). „Тхе версатиле бета-баррел мембране протеин”. Цурр Опин Струцт Биол. 13 (4): 404—11. ПМИД 12948769. дои:10.1016/С0959-440X(03)00099-X.
^ Мурзин А, Леск А, Цхотхиа C (1994). „Принциплес детермининг тхе струцтуре оф бета-схеет баррелс ин протеинс. I. А тхеоретицал аналyсис”. Ј Мол Биол. 236 (5): 1369—81. ПМИД 8126726. дои:10.1016/0022-2836(94)90064-7.
^ Мурзин А, Леск А, Цхотхиа C (1994). „Принциплес детермининг тхе струцтуре оф бета-схеет баррелс ин протеинс. II. Тхе обсервед струцтурес”. Ј Мол Биол. 236 (5): 1382—400. ПМИД 8126727. дои:10.1016/0022-2836(94)90065-5.
^ Лиу, WМ. (1998). „Схеар нумберс оф протеин бета-баррелс: дефинитион рефинементс анд статистицс”. Ј Мол Биол. 275 (4): 541—5. ПМИД 9466929. дои:10.1006/јмби.1997.1501.

Литература уреди

Бранден C, Тоозе Ј. Интродуцтион то Протеин Струцтуре Гарланд Публисхинг: Неw Yорк, НY. (2nd изд.). 1999. ISBN 978-0-8153-2304-4. .

Спољашње везе уреди

Explanation of all-beta topologies: "orthogonal beta-sandwiches" are beta-barrels (as defined in this article); "aligned" beta-sandwiches" correspond to beta-sandwich folds in SCOP classification.
all-beta folds in SCOP database (folds 54 to 100 are water-soluble beta-barrels).
General classification and images of protein structures from Jane Richardson lab
Images and examples of transmembrane beta-barrels
Stockholm Bioinformatics Center review of transmembrane proteins
The Lipocalin Website

[Wimley-1] Wимлеy, WЦ. (2003). „Тхе версатиле бета-баррел мембране протеин”. Цурр Опин Струцт Биол. 13 (4): 404—11. ПМИД 12948769. дои:10.1016/С0959-440X(03)00099-X.

[2] Мурзин А, Леск А, Цхотхиа C (1994). „Принциплес детермининг тхе струцтуре оф бета-схеет баррелс ин протеинс. I. А тхеоретицал аналyсис”. Ј Мол Биол. 236 (5): 1369—81. ПМИД 8126726. дои:10.1016/0022-2836(94)90064-7.

[3] Мурзин А, Леск А, Цхотхиа C (1994). „Принциплес детермининг тхе струцтуре оф бета-схеет баррелс ин протеинс. II. Тхе обсервед струцтурес”. Ј Мол Биол. 236 (5): 1382—400. ПМИД 8126727. дои:10.1016/0022-2836(94)90065-5.

[Liu-4] Лиу, WМ. (1998). „Схеар нумберс оф протеин бета-баррелс: дефинитион рефинементс анд статистицс”. Ј Мол Биол. 275 (4): 541—5. ПМИД 9466929. дои:10.1006/јмби.1997.1501.

[1]

[2]

[3]

[4]