Јмол
Jmol је програм отвореног кода, написан у Јави, за приказивање хемијских структура у 3Д,[1] за чији рад нису неопходни додаци за 3Д убрзавање.[2] Јмол приказује 3Д репрезентацију молекула која се може користи у настави[3] и у истраживањима, нпр. у областима хемије и биохемије. Овај бесплатни софтвер отвореног кода написан у Јави се може користити на Wиндоwс-у, Мац ОС X, Линуксу и Јуникс. Доступна је и самостална апликација, као и комплет алата за развој, који се могу интегрисати у друге Јава програме, као што су Биоцлипсе и Таверна.
mol_logo_2013.svg){kind=logo} | |
 Јмол је програм написан у Јави за приказивање тродимензионалних хемијских структура. | |
| Програмер(и) | Јмол развојни тим |
|---|---|
| Писано у | Јава |
| ОС | Вишеплатформски |
| Тип | Молекулско моделовање |
| Лиценца | LGPL |
| Веб-сајт | www.jmol.org и wiki.jmol.org |
Популарно својство је applet који може да буде интегрисан у веб странице ради приказивања молекула на разне начине. На пример, молекули се могу приказати као модели „лопти и штапова“, „просторно попуњавајући“ модели, „тракасти“ модели, етц.[4] Јмол подржава широк опсег молекуларних формата фајлова, уклучујући Protein Data Bank (пдб), кристалографски информациони фајл (циф), MDL молфајл (мол), и Chemical Markup Language (CML).[5]
Јмол аплет, поред других могућности, се може користити као алтернативу Чајм плугину,[3] чији је развој заустављен. Мада многа својатава Јмола нису доступна у Chime пакету, он није замишљен као свеукупна замена Chime функционалности (пре свега, скулптурног мода). Да бис користио Chime неопходно је да се инсталира плуг-ин и да се користи Интернет експлореру 6.0 или Фајерфоксу 2.0 на Мицрософт Wиндоwсу, или Нетскејп комуникатору 4.8 на Макинтош ОС9. За употребу Јмол-а неопходана је Јава инсталација, која се може користити на мноштву различитих платформи. На пример, Јмол је потпуно функционалан у Мозилином фајерфоксу, Интернет Експлореру, Опери, Гугловом Хрому и Сафарију.
Снимци екрана Уреди
-
Кристална структура Х/АЦА кутије РНП из Pyrococcus furiosus.
-
Приказана су два сона моста хемоглобинског тетрамера (хемо група је доле десно).
-
Фрагмент транскрипционог фактора ТФИИИА, који формира три консекутивна мотива цинканог прста, везан за ДНК сегмент.
-
Еубактеријски 70С рибозом из Thermus thermophilus.
Види још Уреди
Референце Уреди
- ^ Цхен, Јим X. (2008), Спрингер, ур., Гуиде то Грапхицс Софтwаре Тоолс, стр. 471, ИСБН 978-1-84800-900-4
- ^ Wиллигхаген, Е.; Хоwард, M. (2007), „Фаст анд Сцриптабле Молецулар Грапхицс ин Wеб Броwсерс wитхоут Јава3Д”, Натуре Прецеедингс, дои:10.1038/нпре.2007.50.1
- ^ а б Херрáез, А (2006), „Биомолецулес ин тхе Цомпутер: Јмол то тхе Ресцуе”, Биоцхемистрy анд Молецулар Биологy Едуцатион, 34 (4): 7, дои:10.1002/бмб.2006.494034042644
- ^ Херрáез, А (2007), Лулу, ур., Хоw то Усе Јмол то Студy анд Пресент Молецулар Струцтурес, Волуме 1, стр. 21, ИСБН 978-1-84799-259-8
- ^ Wиллигхаген, Е (2001), „Процессинг CML цонвентионс ин Јава” (ПДФ), Интернет Јоурнал оф Цхемистрy, 4 (4): 1—9[мртва веза]
Спољашње везе Уреди
- Jmol official web site
- Jmol wiki where a list of Websites, Wikis, Moodles, ... using Jmol is available
