Arheje
Arheje (lat. archaea),[4] ranije poznate i kao arhebakterije ili prabakterije,[5] prokariotski su organizmi, što znači da nemaju ćelijsko jedro niti neku ćelijsku organelu okruženu membranom unutar ćelije. Prvu vrstu arheja je otkrio 1977. godine američki mikrobiolog Karl Ričard Vouz u termalnim izvorima parka Jeloustoun.
| Arheje Vremenski raspon:
| |
|---|---|
| |
| Halobacterium sp. NRC-1, svaka ćelija je oko 5 μm duga | |
Naučna klasifikacija 
| |
| Domen: | Archaea Woese, Kandler & Wheelis, 1990[1] |
| Carstva[2] i redovi[3] | |
| |
| Sinonimi | |
| |
Prvobitno su arheje klasifikovane među bakterije pod nazivom archeabacteria (odnosno kao carstvo pod tim imenom), ali je u međuvremenu takva klasifikacija prevaziđena.[5] Ćelije arheja imaju jedinstvene osobine koje ih odvajaju od druga dva domena živih bića: bakterija i eukariota. Domen arheja se dalje deli na četiri priznata razdela. Njihova klasifikacija je veoma teška jer većina vrsta nije proučavana u laboratoriji te su otkrivene samo analizom njihovih nukleinskih kiselina u uzorcima iz njihovog prirodnog staništa.
Arheje i bakterije su generalno slične po veličini i obliku, mada mali broj arheja ima veoma neobičan oblik kao što su spljoštene kvadratne ćelije vrste Haloquadratum walsbyi.[6] Ipak, i pored sličnosti u izgledu sa bakterijama, arheje poseduju gene i nekoliko metaboloških puteva kojima su mnogo bliže eukariotima, kao što su na primer enzimi koji se nalaze u procesu transkripcije i translacije. U drugim aspektima, biohemija arheja je jedinstvena, kao što je njihovo oslanjanje na posebne lipide u ćelijskim membranama, povezane etarskim vezama sa glicerolom. Arheje koriste više izvora energije od eukariota, od organskih jedinjenja poput šećera do amonijaka, metalnih jona pa čak i gasovitog vodonika. Arheje kojima ne smeta slano okruženje (Haloarchaea) koriste sunčevu svetlost kao izvor energije, a druge vrste arheja fiksiraju ugljenik. Međutim, za razliku od biljaka i cijanobakterija, do danas nije otkrivena nijedna vrsta arheja koja vrši oba ova procesa. Arheje se razmnožavaju bespolno binarnim razdvajanjem, fragmentacijom ili pupljenjem, a za razliku od bakterija i eukariota, nijedna vrsta ne formira spore.
Prvobitno su arheje smatrane ekstremofilima, jer su pronađene u vrlo surovim okruženjima poput vrelih izvora, gejzira i slanih jezera, ali od tada do danas mnoge od njih su pronađene u vrlo širokom rasponu staništa, uključujući zemljište, okeane, močvare, ljudska creva.[7] Arheje su naročito brojne u okeanima, a arheje u planktonu bi mogle biti jedna od najbrojnijih grupa organizama na Zemlji. One su jedan od najvećih delova živog sveta na planeti i imaju veliku ulogu u ciklusima ugljenika i azota. Ne postoje jasni primeri patogenih ili parazitskih arheja, ali su one često mutualisti i udruženi s drugim. Jedan od primera je metanogeni mikroorganizam koji živi u čoveku i crevima preživara, gde oni potpomažu u varenju hrane. Metanogene arheje se koriste za proizvodnju biogasa i za pročišćavanje otpadnih voda, a enzimi iz ekstremofilnih arheja, koji mogu izdržati visoke temperature i organske rastvarače, koriste se u biotehnologiji.
Klasifikacija
urediNovi domen
urediVećim delom 20. veka, prokarioti su se smatrali jedinstvenom grupom organizama i klasifikovali su se na osnovu njihove biohemije, morfologije i metabolizma. Na primer, mikrobiolozi su pokušavali da klasifikuju mikroorganizme na osnovu struktura njihovih ćelijskih zidova, njihovih oblika i supstanci koje oni konzumiraju.[8] Međutim, naučnici Lajnus Pauling i Emil Cukerland[9] su 1965. predložili novi pristup ovom problemu koristeći sekvence gena u ovim organizmima da bi pronašli kako su različiti prokarioti u vezi jedni s drugim. Ovaj pristup, poznat pod nazivom filogenetika, i danas je osnovni metod koji se koristi.
.jpg)
Arheje su prvi put klasifikovane kao zasebna grupa prokariota 1977. godine kada su to učinili Karl Vouz i Džordž E. Foks napravivši filogenetsko stablo na osnovu sekvenci gena ribosomske RNK.[10] Ove dve grupe su prvobitno dobile imena Archaebacteria i Eubacteria te su posmatrane kao zasebna taksonomska carstva ili podcarstva za koje su Vouz i Foks smislili kovanicu pracarstva. Vouz se složio sa činjenicom da je ova grupa prokariota temeljno različita vrsta živih bića. Da bi naglasio tu razliku, on je kasnije predložio novu prirodnu sistematiku organizama od tri zasebna domena: eukariote, bakterije i arheje,[1] što je danas poznato kao „Vouzova revolucija“.
Reč arheja potiče iz starogrčkog grčkog ἀρχαῖα, što znači drevne stvari,[11] jer su prvi predstavnici domena Archaea bili metanogeni organizmi te se pretpostavljalo da njihov metabolizam odslikava primitivnu atmosferu Zemlje i drevno poreklo organizama. Dugo vremena, arheje su smatrane ekstremofilima koji postoje isključivo u ekstremnim staništima poput vrućih izvora i slanih jezera. Međutim, nakon što su proučavana nova staništa, otkriveni su novi organizmi. U arheje su uvršteni ekstremni halofilni[12] i hipertermofilni[13] mikrobi. Do kraja 20. veka, arheje su pronađene i u okruženjima koja se ne smatraju ekstremnim. Danas, one su poznate kao velika i raznolika grupa organizama koje su široko rasprostranjene u prirodi i da žive u gotovo svim okruženjima.[14] Ovo novo uvažavanje njihove važnosti i sveprisutnosti arheje proizašlo je iz korištenja PCR (lančane reakcije polimeraza) za otkrivanje prokariota iz uzoraka iz okruženja (poput vode i zemljišta) tako što su se multiplikovali njihovi ribozomski geni. Time je omogućeno otkrivanje i identifikacija organizama koji nisu kultivirani u laboratoriji.[15][16]
Današnja klasifikacija
uredi
Klasifikacija arheja, i prokariota uopšte, razvija se vrlo brzo i predstavlja donekle diskutabilnu oblast. Današnji sistemi klasifikacije imaju za cilj organizovanje arheja u grupe organizama koje dele strukturne osobine i zajedničke pretke.[17] Te klasifikacije znatno se temelje na korištenju sekvence gena ribosomskih RNK kojima se otkrivaju uzajamne veze između organizama (molekularna filogenija).[18] Neke od najbolje proučenih vrsta, koje je najlakše kultivisati, su članovi dva osnovna razdela, Euryarchaeota i Crenarchaeota. Druge grupe arheja su napravljene provizorno. Na primer, neobična vrsta Nanoarchaeum equitans, otkrivena 2003. godine, svrstana je u zasebno koleno, Nanoarchaeota.[19] Predloženo je i kreiranje još jednog novog koljena, Korarchaeota. Ono bi sadržavalo malu grupu neobičnih termofilnih vrsta koje dele osobine sa glavnim kolenom, ali su znatno bliže u srodstvu sa Crenarchaeota.[20][21] Druge nedavno otkrivene vrste arheja su samo daleki rođaci bilo koje od ovih grupa, kao što su ARMAN (skr. od Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms, acidofilni arhejski organizmi iz rudnika Ričmond), a otkriveni su 2006.[22] te predstavljaju jedne od najmanjih poznatih organizama.[23]
Kreiranje superkolena Tack je takođe predloženo, a uključivalo bi Aigarchaeota, Crenarchaeota, Korarchaeota i Thaumarchaeota.[24] Ovo superkoleno bi možda moglo biti povezano sa precima ili prvobitnim eukariotima. Klasifikacija arheja u vrste je takođe diskutabilna. Pošto biologija definiše vrste kao grupu povezanih organizama, kriterijumi po kojima se mogu ukrštati vrste unutar porodice (odnosno organizmi koji mogu oplođavati jedni druge, ali se ne mogu ukrštati izvan te porodice), ne mogu se primeniti na arheje, jer se razmnožavaju bespolno.[25] Arheje pokazuju visoke nivoe horizontalnog transfera gena između loza. Neki istraživači su ukazivali da jedinke koje se mogu grupirati u populacije slične vrstama imaju veoma slične genome i retke transfere gena od i prema ćelijama sa slabije povezanim genomima, kao što je to slučaj kod roda Ferroplasma.[26] U drugu ruku, studije na rodu Halorubrum pokazale su značajan genetski transfer od i prema slabije povezanim populacijama, što u velikoj meri ograničava primenu tih kriterija.[27] Drugi problem bi bio: kakve implikacije takvog određenja vrsta imaju praktično značenje.[28]
Trenutno znanje o genetskoj raznolikosti je delimično a ukupan broj vrsta arheja se ne može proceniti s bilo kojom tačnošću.[18] Procenjeni broj kolena arheja se kreće između 18 i 23, od kojih samo osam imaju predstavnike koji su uspešno uzgajeni u kulturama i bili direktno proučavani. Mnoge od tih hipotetskih grupa su poznate iz samo jedne rRNK sekvence, i stoga je raznovrsnost tih organizmima nepoznat.[29] Domen bakterija takođe sadrži mnoge mikrobe koji nikad nisu bili kultivisani sa sličnim implikacijama u pogledu njihove karakterizacije.[30]
Poreklo i evolucija
urediNaučni dokazi ukazuju da je život na Zemlji počeo pre oko 3,5 milijardi godina.[31][32] Najraniji dokazi za život na Zemlji je grafit za koji se pretpostavlja da je biogenskog porekla star 3,7 milijardi godina, nađen u metasedimentnim stenama na zapadnom Grenlandu,[33] te fosili mikrobnih slojeva starih oko 3,48 milijarde godine, pronađenih u peščarima u Zapadnoj Australiji.[34][35]
Iako su fosili prokariotskih ćelija datirani u period od oko 3,5 miliona godina, većina tih prokariota nemaju određene morfološke osobine i oblike fosila, te se ne mogu identifikovati i uvrstiti među arheje.[36] Umesto toga, hemijski fosili jedinstvenih lipida daju više podataka, jer se takva jedinjenja ne javljaju kod drugih organizama.[37] Neki izvori nagoveštavaju da su ostaci arhejskih ili eukariotskih lipida prisutni u fosilima školjaka datiranih na oko 2,7 milijarde godina;[38] ali se na te podatke gleda sa određenom sumnjom.[39] Takvi lipidi su takođe otkriveni i u čak starijim stenama na zapadnom Grenlandu. Među najstarijim takvim tragovima nalaze se i oni iz sloja Isua, koji uključuje neke od najstarijih sedimenata na Zemlji, formiranih pre 3,8 milijarde godina.[40] Arhejska loza bi mogla biti jedna od najstarijih koje su postojale na Zemlji.[41]
Vouz je smatrao da bakterije, arheje i eukariote predstavljaju odvojene linije potomaka koji su nastali veoma rano iz neke pradavne kolonije organizama.[42][43] Jedna mogućnost[43][44] je da se to desilo pre evolucije ćelija, kada je nedostatak tipične ćelijske membrane omogućio neograničeni lateralni transfer gena, a da su zajednički preci sva tri domena nastali fiksiranjem specifičnih subsetova gena.[43][44] Možda je moguće da je poslednji zajednički predak bakterija i arheja bio termofilni organizam, što povećava verovatnoću da su niže temperature ekstremno okruženje za arheje, a organizmi koji su živeli u tim hladnijim okruženjima pojavili su se tek kasnije.[45] Pošto arheje i bakterije više nisu u srodstvu, kao ni sa eukariotima, pojam prokarioti se može samo „uslovno“ koristiti u značenju oni koji nisu eukarioti, što znatno ograničava njegovu korist.[46]
Razlike od drugih domena
urediArheje su razdvojene u treći domen zbog svojih velikih razlika u strukturi ribosomske RNK. Određeni sekvencirani molekul RNK, poznat kao 16s rRNK, prisutan je u svim organizmima i uvek ima istu funkciju. Taj molekul se koristi u proizvodnji belančevina. Pošto je proizvodnja proteina od osnovnog značaja za život, svi organizmi sa mutacijama na 16s RNK imaju vrlo male šanse za preživljavanje. Stoga se 16s rRNK ne menja u tolikoj meri kao druge RNK. Ako se u organizmu mutira njena rRNK, taj organizam bi mogao imati nedostatak nekih od osnovnih belančevina i na kraju uginuti. Zbog toga je 16s rRNK toliko velika da može zadržati informacije karakteristične za organizam, ali i dovoljno mala da se može sekvencijalno upravljati u prihvatljivom vremenskom periodu. Karl Vouz, mikrobiolog koji je proučavao genetsko sekvenciranje organizama, razvio je 1977. novu metodu sekvenciranja koja uključuje razdvajanje RNK u fragmente koji se mogu sortirati i uporediti sa drugim fragmentima iz drugih organizama.[47] Ako su šeme između različitih vrsta bile slične, utoliko su ti organizmi bili više srodni jedni drugima.[48]
Vouz je koristio svoju novu metodu upoređivanja rRNK u svrhu kategorizacije i određivanja različitih organizama. On je sekvencirao brojne različite vrste te je kod ispitivanja grupe metanogena našao da imaju značajno različite šeme od bilo kojih drugih poznatih prokariota ili eukariota.[47] Ti metanogeni su bili mnogo sličniji jedni drugima nego drugim sekvenciranim organizmima, što je Vouza navelo da predloži sasvim novi domen Archaea.[47] Jedan od zanimljivih rezultata njegovih eksperimenata je taj da su arheje više slične eukariotima nego prokariotima, iako su sličnije prokariotima u smislu strukture.[49] Time se došlo do zaključka da domeni Archaea i Eukarya imaju više nedavnih zajedničkih predaka nego što generalno imaju eukariote i bakterije.[49] Razvoj jedra se odvio nakon evolutivnog razdvajanja između bakterija i tog zajedničkog pretka.[49] Iako su arheje grubo gledano prokariotske, one su bliži srodnici eukariota, te stoga nisu svrstane ni u domen eukariota, ni u bakterije.[1]
Klasifikacija
urediDomen arheja je podeljen na dva carstva, koja se dalje dele na tipove, klase, redove, porodice i rodove.
Carstvo Euryarchaeota
uredi- Tip Methanobacteria
- Klasa Methanobacterei
- Klasa Methanococci
- Red Methanococcaleskome
- Red Methanomicrobiales
- Red Methanosarcinales
- Tip Halobacteria
- Tip Thermoplasmobacteria
- Tip Thermobacteria
- Klasa Thermococci
- Klasa Archaeglobi
- Klasa Methanopyri
Carstvo Crenarchaea
uredi- Klasa Thermoprotei
- Red Thermoproteales
- Red Desulfurococcales
- Red Sulfolobales
- Klasa Thermoprotei
Familije
uredi- Acidilobaceae
- Archaeoglobaceae
- Caldisphaeraceae
- Cenarchaeaceae
- Desulfurococcaceae
- Ferroplasmaceae
- Fervidicoccaceae
- Halobacteriaceae
- Methanobacteriaceae
- Methanocaldococcaceae
- Methanocellaceae
- Methanococcaceae
- Methanocorpusculaceae
- Methanomicrobiaceae
- Methanopyraceae
- Methanoregulaceae
- Methanosarcinaceae
- Methanospirillaceae
- Methanothermaceae
- Methermicoccaceae
- Picrophilaceae
- Pyrodictiaceae
- Sulfolobaceae
- Thermococcaceae
- Thermofilaceae
- Thermoplasmataceae
- Thermoproteaceae
Rodovi
uredi- Acidianus Segerer et al., 1986 emend. Plumb et al., 2007
- Acidilobus Prokofeva et al., 2000 emend. Prokofeva et al., 2009
- Acidiplasma Golyshina et al., 2009
- Aeropyrum Sako et al., 1996
- Archaeoglobus Stetter, 1988
- Caldisphaera Itoh et al., 2003
- Caldivirga Itoh et al., 1999
- Cenarchaeum DeLong and Preston, 1996
- Desulfurococcus Zillig and Stetter, 1983 emend. Perevalova et al., 2005
- Ferroglobus Hafenbradl et al., 1997
- Ferroplasma Golyshina et al., 2000 emend. Hawkes et al., 2008
- Fervidicoccus Perevalova et al., 2010
- Geoglobus Kashefi et al., 2002
- Haladaptatus Savage et al., 2007 emend. Cui et al., 2010 emend. Roh et al., 2010
- Halalkalicoccus Xue et al., 2005
- Halarchaeum Minegishi et al., 2010
- Haloarchaeobius Makhdoumi-Kakhki et al., 2012
- Haloarcula Torreblanca et al., 1986
- Halobacterium Elazari-Volcani, 1957
- Halobaculum Oren et al., 1995
- Halobellus Cui et al., 2011
- Halobiforma Hezayen et al., 2002
- Halococcus Schoop, 1935
- Haloferax Torreblanca et al., 1986
- Halogeometricum Montalvo-Rodríguez et al., 1998 emend. Cui et al., 2010
- Halogranum Cui et al., 2010 emend. Cui et al., 2011
- Halolamina Cui et al., 2011
- Halomarina Inoue et al., 2011
- Halomethanococcus Yu and Kawamura, 1988
- Halomicrobium Oren et al., 2002
- Halonotius Burns et al., 2010
- Halopelagius Cui et al., 2010
- Halopiger Gutiérrez et al., 2007
- Haloplanus Bardavid et al., 2007 emend. Cui et al., 2010
- Haloquadratum Burns et al., 2007
- Halorhabdus Wainø et al., 2000 emend. Antunes et al., 2008
- Halorientalis Cui et al., 2011
- Halorubrum McGenity and Grant, 1996
- Halosarcina Savage et al., 2008 emend. Cui et al., 2010
- Halosimplex Vreeland et al., 2003
- Halostagnicola Castillo et al., 2006
- Haloterrigena Ventosa et al., 1999
- Halovenus Makhdoumi-Kakhki et al., 2012
- Halovivax Castillo et al., 2006
- Hyperthermus Zillig et al., 1991
- Ignicoccus Huber et al., 2000
- Ignisphaera Niederberger et al., 2006
- Metallosphaera Huber et al., 1989
- Methanimicrococcus Sprenger et al., 2000
- Methanobacterium Kluyver and van Niel, 1936
- Methanobrevibacter Balch and Wolfe, 1981
- Methanocalculus Ollivier et al., 1998
- Methanocaldococcus Whitman, 2002
- Methanocella Sakai et al., 2008
- Methanococcoides Sowers and Ferry, 1985
- Methanococcus Kluyver and van Niel, 1936 emend. Barker, 1936 emend. Mah and Kuhn, 1984
- Methanocorpusculum Zellner et al., 1988 emend. Xun et al., 1989
- Methanoculleus Maestrojuán et al., 1990
- Methanofollis Zellner et al., 1999
- Methanogenium Romesser et al., 1981 emend. Maestrojuán et al., 1990 emend. Spring et al., 2005
- Methanohalobium Zhilina and Zavarzin, 1988
- Methanohalophilus Paterek and Smith, 1988
- Methanolacinia Zellner et al., 1990
- Methanolinea Imachi et al., 2008
- Methanolobus König and Stetter, 1983
- Methanomethylovorans Lomans et al., 2004
- Methanomicrobium Balch and Wolfe, 1981
- Methanoplanus Wildgruber et al., 1984
- Methanopyrus Kurr et al., 1992
- Methanoregula Bräuer et al., 2011
- Methanosalsum Boone and Baker, 2002
- Methanosarcina Kluyver and van Niel, 1936 emend. Mah and Kuhn, 1984 emend. Ni et al., 1994
- Methanosphaera Miller and Wolin, 1985
- Methanosphaerula Cadillo-Quiroz et al., 2009
- Methanospirillum Ferry et al., 1974 emend. Iino et al., 2010
- Methanothermobacter Wasserfallen et al., 2000
- Methanothermococcus Whitman, 2002
- Methanothermus Stetter, 1982
- Methanothrix Huser et al., 1983
- Methanotorris Whitman, 2002
- Methermicoccus Cheng et al., 2007
- Natrialba Kamekura and Dyall-Smith, 1996
- Natrinema McGenity et al., 1998 emend. Xin et al., 2000
- Natronoarchaeum Shimane et al., 2010
- Natronobacterium Tindall et al., 1984
- Natronococcus Tindall et al., 1984
- Natronolimnobius Itoh et al., 2005
- Natronomonas Kamekura et al., 1997 emend. Burns et al., 2010
- Natronorubrum Xu et al., 1999 emend. Cui et al., 2006
- Palaeococcus Takai et al., 2000
- Picrophilus Schleper et al., 1996
- Pyrobaculum Huber et al., 1988
- Pyrococcus Fiala and Stetter, 1986
- Pyrodictium Stetter et al., 1984
- Pyrolobus Blöchl et al., 1999
- Salarchaeum Shimane et al., 2011
- Staphylothermus Stetter and Fiala, 1986
- Stetteria Jochimsen et al., 1998
- Stygiolobus Segerer et al., 1991
- Sulfolobus Brock et al., 1972
- Sulfophobococcus Hensel et al., 1997
- Sulfurisphaera Kurosawa et al., 1998
- Sulfurococcus Golovacheva et al., 1995
- Thermocladium Itoh et al., 1998
- Thermococcus Zillig, 1983
- Thermodiscus Stetter, 2003
- Thermofilum Zillig and Gierl, 1983
- Thermogymnomonas Itoh et al., 2007
- Thermoplasma Darland et al., 1970
- Thermoproteus Zillig and Stetter, 1982
- Thermosphaera Huber et al., 1998
- Vulcanisaeta Itoh et al., 2002
Vrste
uredi- Acidianus ambivalens (Zillig and Böck, 1987) Fuchs et al., 1996
- Acidianus brierleyi (Zillig et al., 1980) Segerer et al., 1986
- Acidianus infernus Segerer et al., 1986
- Acidianus sulfidivorans Plumb et al., 2007
- Acidilobus aceticus Prokofeva et al., 2000
- Acidilobus saccharovorans Prokofeva et al., 2009
- Acidiplasma aeolicum Golyshina et al., 2009
- Acidiplasma cupricumulans (Hawkes et al., 2008) Golyshina et al., 2009
- Aeropyrum camini Nakagawa et al., 2004
- Aeropyrum pernix Sako et al., 1996
- Archaeoglobus fulgidus Stetter, 1988
- Archaeoglobus infectus Mori et al., 2008
- Archaeoglobus profundus Burggraf et al., 1990
- Archaeoglobus sulfaticallidus Steinsbu et al., 2010
- Archaeoglobus veneficus Huber et al., 1998
- Caldisphaera lagunensis Itoh et al., 2003
- Caldivirga maquilingensis Itoh et al., 1999
- Desulfurococcus amylolyticus Bonch-Osmolovskaya et al., 2001
- Desulfurococcus fermentans Perevalova et al., 2005
- Desulfurococcus kamchatkensis Kublanov et al., 2009
- Desulfurococcus mobilis Zillig and Stetter, 1983
- Desulfurococcus mucosus Zillig and Stetter, 1983
- Ferroglobus placidus Hafenbradl et al., 1997
- Ferroplasma acidiphilum Golyshina et al., 2000
- Fervidicoccus fontis Perevalova et al., 2010
- Geoglobus acetivorans Slobodkina et al., 2009
- Geoglobus ahangari Kashefi et al., 2002
- Haladaptatus cibarius Roh et al., 2010
- Haladaptatus litoreus Cui et al., 2010
- Haladaptatus paucihalophilus Savage et al., 2007
- Halalkalicoccus jeotgali Roh et al., 2007
- Halalkalicoccus tibetensis Xue et al., 2005
- Halarchaeum acidiphilum Minegishi et al., 2010
- Haloarchaeobius iranensis Makhdoumi-Kakhki et al., 2012
- Haloarcula amylolytica Yang et al., 2007
- Haloarcula argentinensis Ihara et al., 1997
- Haloarcula hispanica Juez et al., 1986
- Haloarcula japonica Takashina et al., 1991
- Haloarcula marismortui (ex Volcani) Oren et al., 1990
- Haloarcula quadrata Oren et al., 1999
- Haloarcula salaria Namwong et al., 2011
- Haloarcula tradensis Namwong et al., 2011
- Haloarcula vallismortis (Gonzalez et al., 1979) Torreblanca et al., 1986
- Halobacterium halobium (Petter, 1931) Elazari-Volcani, 1957
- Halobacterium jilantaiense Yang et al., 2006
- Halobacterium noricense Gruber et al., 2005
- Halobacterium piscisalsi Yachai et al., 2008
- Halobacterium salinarum (Harrison and Kennedy, 1922) Elazari-Volcani, 1957 emend. Gruber et al., 2004
- Halobaculum gomorrense Oren et al., 1995
- Halobellus clavatus Cui et al., 2011
- Halobellus limi Cui et al., 2012
- Halobellus salinus Cui et al., 2012
- Halobiforma haloterrestris Hezayen et al., 2002
- Halobiforma lacisalsi Xu et al., 2005
- Halobiforma nitratireducens (Xin et al., 2001) Hezayen et al., 2002
- Halococcus dombrowskii Stan-Lotter et al., 2002
- Halococcus hamelinensis Goh et al., 2006
- Halococcus morrhuae (Farlow, 1880) Kocur and Hodgkiss, 1973
- Halococcus qingdaonensis Wang et al., 2007
- Halococcus saccharolyticus Montero et al., 1990
- Halococcus salifodinae Denner et al., 1994
- Halococcus thailandensis Namwong et al., 2007
- Haloferax alexandrinus Asker and Ohta, 2002
- Haloferax denitrificans (Tomlinson et al., 1986) Tindall et al., 1989
- Haloferax elongans Allen et al., 2008
- Haloferax gibbonsii Juez et al., 1986
- Haloferax larsenii Xu et al., 2007
- Haloferax lucentense Gutierrez et al., 2004
- Haloferax mediterranei (Rodriguez-Valera et al., 1983) Torreblanca et al., 1987
- Haloferax mucosum Allen et al., 2008
- Haloferax prahovense Enache et al., 2007
- Haloferax sulfurifontis Elshahed et al., 2004
- Haloferax volcanii (Mullakhanbhai and Larsen, 1975) Torreblanca et al., 1986
- Halogeometricum borinquense Montalvo-Rodríguez et al., 1998
- Halogeometricum rufum Cui et al., 2010
- Halogranum amylolyticum Cui et al., 2011
- Halogranum gelatinilyticum Cui et al., 2011
- Halogranum rubrum Cui et al., 2010
- Halogranum salarium Kim et al., 2012
- Halolamina pelagica Cui et al., 2011
- Halomarina oriensis Inoue et al., 2011
- Halomethanococcus doii Yu and Kawamura, 1988
- Halomicrobium katesii Kharroub et al., 2008
- Halomicrobium mukohataei (Ihara et al., 1997) Oren et al., 2002
- Halomicrobium zhouii Yang and Cui, 2012
- Halonotius pteroides Burns et al., 2010
- Halopelagius inordinatus Cui et al., 2010
- Halopiger aswanensis Hezayen et al., 2010
- Halopiger xanaduensis Gutiérrez et al., 2007
- Haloplanus aerogenes Cui et al., 2011
- Haloplanus natans Bardavid et al., 2007
- Haloplanus vescus Cui et al., 2010
- Haloquadratum walsbyi Burns et al., 2007
- Halorhabdus tiamatea Antunes et al., 2008
- Halorhabdus utahensis Wainoe et al., 2000
- Halorientalis regularis Cui et al., 2011
- Halorubrum aidingense Cui et al., 2006
- Halorubrum alkaliphilum Feng et al., 2005
- Halorubrum aquaticum Gutíerrez et al., 2011
- Halorubrum arcis Xu et al., 2007
- Halorubrum californiense Pesenti et al., 2008
- Halorubrum chaoviator Mancinelli et al., 2009
- Halorubrum cibi Roh and Bae, 2009
- Halorubrum coriense (Kamekura and Dyall-Smith, 1996) Oren and Ventosa, 1996
- Halorubrum distributum (Zvyagintseva and Tarasov, 1989) Oren and Ventosa, 1996
- Halorubrum ejinorense Castillo et al., 2007
- Halorubrum ezzemoulense Kharroub et al., 2006
- Halorubrum kocurii Gutiérrez et al., 2008
- Halorubrum lacusprofundi (Franzmann et al., 1989) McGenity and Grant, 1996
- Halorubrum lipolyticum Cui et al., 2006
- Halorubrum litoreum Cui et al., 2007
- Halorubrum luteum Hu et al., 2008
- Halorubrum orientale Castillo et al., 2006
- Halorubrum saccharovorum (Tomlinson and Hochstein, 1977) McGenity and Grant, 1996
- Halorubrum sodomense (Oren, 1983) McGenity and Grant, 1996
- Halorubrum tebenquichense Lizama et al., 2002
- Halorubrum terrestre Ventosa et al., 2004
- Halorubrum tibetense Fan et al., 2004
- Halorubrum trapanicum (Petter, 1931) McGenity and Grant, 1996
- Halorubrum vacuolatum (Mwatha and Grant, 1993) Kamekura et al., 1997
- Halorubrum xinjiangense Feng et al., 2004
- Halosarcina limi Cui et al., 2010
- Halosarcina pallida Savage et al., 2008
- Halosimplex carlsbadense Vreeland et al., 2003
- Halostagnicola alkaliphila Nagaoka et al., 2011
- Halostagnicola kamekurae Nagaoka et al., 2010
- Halostagnicola larsenii Castillo et al., 2006
- Haloterrigena daqingensis Wang et al., 2010
- Haloterrigena hispanica Romano et al., 2007
- Haloterrigena jeotgali Roh et al., 2009
- Haloterrigena limicola Cui et al., 2006
- Haloterrigena longa Cui et al., 2006
- Haloterrigena saccharevitans Xu et al., 2005
- Haloterrigena salina Gutíerrez et al., 2008
- Haloterrigena thermotolerans Montalvo-Rodríguez et al., 2000
- Haloterrigena turkmenica (Zvyagintseva and Tarasov, 1989) Ventosa et al., 1999
- Halovenus aranensis Makhdoumi-Kakhki et al., 2012
- Halovivax asiaticus Castillo et al., 2006
- Halovivax ruber Castillo et al., 2007
- Hyperthermus butylicus Zillig et al., 1991
- Ignicoccus hospitalis Paper et al., 2007
- Ignicoccus islandicus Huber et al., 2000
- Ignicoccus pacificus Huber and Stetter, 2000
- Ignisphaera aggregans Niederberger et al., 2006
- Metallosphaera cuprina Liu et al., 2011
- Metallosphaera hakonensis (Takayanagi et al., 1996) Kurosawa et al., 2003
- Metallosphaera prunae Fuchs et al., 1996
- Metallosphaera sedula Huber et al., 1989
- Methanimicrococcus blatticola Sprenger et al., 2000
- Methanobacterium aarhusense Shlimon et al., 2004
- Methanobacterium alcaliphilum Worakit et al., 1986
- Methanobacterium arcticum Shcherbakova et al., 2011
- Methanobacterium beijingense Ma et al., 2005
- Methanobacterium bryantii Balch and Wolfe, 1981
- Methanobacterium congolense Cuzin et al., 2001
- Methanobacterium espanolae Patel et al., 1990
- Methanobacterium ferruginis Mori and Harayama, 2011
- Methanobacterium flexile Zhu et al., 2011
- Methanobacterium formicicum Schnellen, 1947
- Methanobacterium ivanovii Jain et al., 1988
- Methanobacterium kanagiense Kitamura et al., 2011
- Methanobacterium movens Zhu et al., 2011
- Methanobacterium oryzae Joulian et al., 2000
- Methanobacterium palustre Zellner et al., 1990
- Methanobacterium petrolearium Mori and Harayama, 2011
- Methanobacterium subterraneum Kotelnikova et al., 1998
- Methanobacterium thermaggregans Blotevogel and Fischer, 1988
- Methanobacterium uliginosum König, 1985
- Methanobacterium veterum Krivushin et al., 2010
- Methanobrevibacter acididurans Savant et al., 2002
- Methanobrevibacter arboriphilicus (Zeikus and Henning, 1975) Balch and Wolfe, 1981
- Methanobrevibacter curvatus Leadbetter and Breznak, 1997
- Methanobrevibacter cuticularis Leadbetter and Breznak, 1997
- Methanobrevibacter filiformis Leadbetter et al., 1998
- Methanobrevibacter gottschalkii Miller and Lin, 2002
- Methanobrevibacter millerae Rea et al., 2007
- Methanobrevibacter olleyae Rea et al., 2007
- Methanobrevibacter oralis Ferrari et al., 1995
- Methanobrevibacter ruminantium (Smith and Hungate, 1958) Balch and Wolfe, 1981
- Methanobrevibacter smithii Balch and Wolfe, 1981
- Methanobrevibacter thaueri Miller and Lin, 2002
- Methanobrevibacter woesei Miller and Lin, 2002
- Methanobrevibacter wolinii Miller and Lin, 2002
- Methanocalculus chunghsingensis Lai et al., 2004
- Methanocalculus halotolerans Ollivier et al., 1998
- Methanocalculus pumilus Mori et al., 2000
- Methanocalculus taiwanensis Lai et al., 2002
- Methanocaldococcus fervens (Jeanthon et al., 1999) Whitman, 2002
- Methanocaldococcus indicus L'Haridon et al., 2003
- Methanocaldococcus infernus (Jeanthon et al., 1998) Whitman, 2002
- Methanocaldococcus jannaschii (Jones et al., 1984) Whitman, 2002
- Methanocaldococcus villosus Bellack et al., 2011
- Methanocaldococcus vulcanius (Jeanthon et al., 1999) Whitman, 2002
- Methanocella arvoryzae Sakai et al., 2010
- Methanocella paludicola Sakai et al., 2008
- Methanococcoides alaskense Singh et al., 2005
- Methanococcoides burtonii Franzmann et al., 1993
- Methanococcoides methylutens Sowers and Ferry, 1985
- Methanococcus aeolicus Kendall et al., 2006
- Methanococcus maripaludis Jones et al., 1984
- Methanococcus vannielii Stadtman and Barker, 1951
- Methanococcus voltae Balch and Wolfe, 1981 emend. Ward et al., 1989
- Methanocorpusculum aggregans (Ollivier et al., 1985) Xun et al., 1989
- Methanocorpusculum bavaricum Zellner et al., 1989
- Methanocorpusculum labreanum Zhao et al., 1989
- Methanocorpusculum parvum Zellner et al., 1988
- Methanocorpusculum sinense Zellner et al., 1989
- Methanoculleus bourgensis (Ollivier et al., 1986) Maestrojuán et al., 1990
- Methanoculleus chikugoensis Dianou et al., 2001
- Methanoculleus hydrogenitrophicus Tian et al., 2010
- Methanoculleus marisnigri (Romesser et al., 1981) Maestrojuán et al., 1990
- Methanoculleus palmolei Zellner et al., 1998
- Methanoculleus receptaculi Cheng et al., 2008
- Methanoculleus submarinus Mikucki et al., 2003
- Methanoculleus thermophilus (Rivard and Smith, 1982) Maestrojuán et al., 1990 emend. Spring et al., 2005
- Methanofollis aquaemaris Lai and Chen, 2001
- Methanofollis ethanolicus Imachi et al., 2009
- Methanofollis formosanus Wu et al., 2005
- Methanofollis liminatans (Zellner et al., 1990) Zellner et al., 1999
- Methanofollis tationis (Zabel et al., 1986) Zellner et al., 1999
- Methanogenium cariaci Romesser et al., 1981 emend. Maestrojuán et al., 1990
- Methanogenium frigidum Franzmann et al., 1997
- Methanogenium marinum Chong et al., 2003
- Methanogenium organophilum Widdel et al., 1989
- Methanohalobium evestigatum Zhilina and Zavarzin, 1988
- Methanohalophilus halophilus (Zhilina, 1984) Wilharm et al., 1991
- Methanohalophilus mahii Paterek and Smith, 1988
- Methanohalophilus portucalensis Boone et al., 1993
- Methanolacinia paynteri (Rivard et al., 1984) Zellner et al., 1990
- Methanolinea mesophila Sakai et al., 2012
- Methanolinea tarda Imachi et al., 2008
- Methanolobus bombayensis Kadam et al., 1994
- Methanolobus oregonensis (Liu et al., 1990) Boone, 2002
- Methanolobus profundi Mochimaru et al., 2009
- Methanolobus taylorii Oremland and Boone, 1994
- Methanolobus tindarius König and Stetter, 1983
- Methanolobus vulcani Stetter et al., 1989 emend. Kadam and Boone, 1995
- Methanolobus zinderi Doerfert et al., 2009
- Methanomethylovorans hollandica Lomans et al., 2004
- Methanomethylovorans thermophila Jiang et al., 2005
- Methanomicrobium mobile (Paynter and Hungate, 1968) Balch and Wolfe, 1981
- Methanoplanus endosymbiosus van Bruggen et al., 1986
- Methanoplanus limicola Wildgruber et al., 1984
- Methanoplanus petrolearius Ollivier et al., 1998
- Methanopyrus kandleri Kurr et al., 1992
- Methanoregula boonei Bräuer et al., 2011
- Methanoregula formicica Yashiro et al., 2011
- Methanosalsum zhilinae (Mathrani et al., 1988) Boone and Baker, 2002
- Methanosarcina acetivorans Sowers et al., 1986
- Methanosarcina baltica von Klein et al., 2002 emend. Singh et al., 2005
- Methanosarcina barkeri Schnellen, 1947
- Methanosarcina horonobensis Shimizu et al., 2011
- Methanosarcina lacustris Simankova et al., 2002
- Methanosarcina mazei (Barker, 1936) Mah and Kuhn, 1984
- Methanosarcina semesiae Lyimo et al., 2000
- Methanosarcina siciliae (Stetter and König, 1989) Ni et al., 1994
- Methanosarcina thermophila Zinder et al., 1985
- Methanosarcina vacuolata Zhilina and Zavarzin, 1987
- Methanosphaera cuniculi Biavati et al., 1990
- Methanosphaera stadtmanae Miller and Wolin, 1985
- Methanosphaerula palustris Cadillo-Quiroz et al., 2009
- Methanospirillum hungatei Ferry et al., 1974 emend. Iino et al., 2010
- Methanospirillum lacunae Iino et al., 2010
- Methanothermobacter defluvii (Kotelnikova et al., 1994) Boone, 2002
- Methanothermobacter marburgensis Wasserfallen et al., 2000
- Methanothermobacter thermautotrophicus (Zeikus and Wolfe, 1972) Wasserfallen et al., 2000
- Methanothermobacter thermoflexus (Kotelnikova et al., 1994) Boone, 2002
- Methanothermobacter thermophilus (Laurinavichus et al., 1990) Boone, 2002
- Methanothermobacter wolfeii (Winter et al., 1985) Wasserfallen et al., 2000
- Methanothermococcus okinawensis Takai et al., 2002
- Methanothermococcus thermolithotrophicus (Huber et al., 1984) Whitman, 2002
- Methanothermus fervidus Stetter, 1982
- Methanothermus sociabilis Stetter, 1986
- Methanothrix soehngenii Huser et al., 1983
- Methanothrix thermoacetophila Nozhevnikova and Chudina, 1988
- Methanotorris formicicus Takai et al., 2004
- Methanotorris igneus (Burggraf et al., 1990) Whitman, 2002
- Methermicoccus shengliensis Cheng et al., 2007
- Natrialba aegyptia Hezayen et al., 2001
- Natrialba asiatica Kamekura and Dyall-Smith, 1996 emend. Hezayen et al., 2001
- Natrialba chahannaoensis Xu et al., 2001
- Natrialba hulunbeirensis Xu et al., 2001
- Natrialba magadii (Tindall et al., 1984) Kamekura et al., 1997
- Natrialba taiwanensis Hezayen et al., 2001
- Natrinema altunense Xu et al., 2005
- Natrinema ejinorense Castillo et al., 2006
- Natrinema gari Tapingkae et al., 2008
- Natrinema pallidum McGenity et al., 1998
- Natrinema pellirubrum McGenity et al., 1998
- Natrinema versiforme Xin et al., 2000
- Natronoarchaeum mannanilyticum Shimane et al., 2010
- Natronobacterium gregoryi Tindall et al., 1984
- Natronococcus amylolyticus Kanai et al., 1995
- Natronococcus jeotgali Roh et al., 2007
- Natronococcus occultus Tindall et al., 1984
- Natronolimnobius baerhuensis Itoh et al., 2005
- Natronolimnobius innermongolicus Itoh et al., 2005
- Natronomonas moolapensis Burns et al., 2010
- Natronomonas pharaonis (Soliman and Trüper, 1983) Kamekura et al., 1997
- Natronorubrum aibiense Cui et al., 2006
- Natronorubrum bangense Xu et al., 1999
- Natronorubrum sediminis Gutiérrez et al., 2010
- Natronorubrum sulfidifaciens Cui et al., 2007
- Natronorubrum tibetense Xu et al., 1999
- Palaeococcus ferrophilus Takai et al., 2000
- Palaeococcus helgesonii Amend et al., 2006
- Picrophilus oshimae Schleper et al., 1996
- Picrophilus torridus Zillig et al., 1996
- Pyrobaculum aerophilum Völkl et al., 1996
- Pyrobaculum arsenaticum Huber et al., 2001
- Pyrobaculum calidifontis Amo et al., 2008
- Pyrobaculum islandicum Huber et al., 1988
- Pyrobaculum oguniense Sako et al., 2001
- Pyrobaculum organotrophum Huber et al., 1988
- Pyrococcus furiosus Fiala and Stetter, 1986
- Pyrococcus glycovorans Barbier et al., 1999
- Pyrococcus horikoshii González et al., 1999
- Pyrococcus woesei Zillig, 1988
- Pyrococcus yayanosii Birrien et al., 2011
- Pyrodictium abyssi Pley and Stetter, 1991
- Pyrodictium brockii Stetter et al., 1984
- Pyrodictium occultum Stetter et al., 1984
- Pyrolobus fumarii Blöchl et al., 1999
- Salarchaeum japonicum Shimane et al., 2011
- Staphylothermus hellenicus Arab et al., 2000
- Staphylothermus marinus Stetter and Fiala, 1986
- Stetteria hydrogenophila Jochimsen et al., 1998
- Stygiolobus azoricus Segerer et al., 1991
- Sulfolobus acidocaldarius Brock et al., 1972
- Sulfolobus metallicus Huber and Stetter, 1992
- Sulfolobus shibatae Grogan et al., 1991
- Sulfolobus solfataricus Zillig et al., 1980
- Sulfolobus tokodaii Suzuki et al., 2002
- Sulfolobus yangmingensis Jan et al., 1999
- Sulfophobococcus zilligii Hensel et al., 1997
- Sulfurisphaera ohwakuensis Kurosawa et al., 1998
- Sulfurococcus mirabilis Golovacheva et al., 1995
- Sulfurococcus yellowstonensis Karavaiko et al., 1995
- Thermocladium modestius Itoh et al., 1998
- Thermococcus acidaminovorans Dirmeier et al., 2001
- Thermococcus aegaeus Arab et al., 2000
- Thermococcus aggregans Canganella et al., 1998
- Thermococcus alcaliphilus Keller et al., 1997
- Thermococcus atlanticus Cambon-Bonavita et al., 2004
- Thermococcus barophilus Marteinsson et al., 1999
- Thermococcus barossii Duffaud et al., 2005
- Thermococcus celer Zillig, 1983
- Thermococcus celericrescens Kuwabara et al., 2007
- Thermococcus chitonophagus Huber and Stetter, 1996
- Thermococcus coalescens Kuwabara et al., 2005
- Thermococcus fumicolans Godfroy and Meunier, 1996
- Thermococcus gammatolerans Jolivet et al., 2003
- Thermococcus gorgonarius Miroshnichenko et al., 1998
- Thermococcus guaymasensis Canganella et al., 1998
- Thermococcus hydrothermalis Godfroy et al., 1997
- Thermococcus kodakarensis Atomi et al., 2005
- Thermococcus litoralis Neuner et al., 2001
- Thermococcus pacificus Miroshnichenko et al., 1998
- Thermococcus peptonophilus González et al., 1996
- Thermococcus profundus Kobayashi and Horikoshi, 1995
- Thermococcus sibiricus Miroshnichenko et al., 2001
- Thermococcus siculi Grote et al., 2000
- Thermococcus stetteri Miroshnichenko, 1990
- Thermococcus thioreducens Pikuta et al., 2007
- Thermococcus waiotapuensis González et al., 2001
- Thermococcus zilligii Ronimus et al., 1999
- Thermodiscus maritimus Stetter, 2003
- Thermofilum pendens Zillig and Gierl, 1983
- Thermogymnomonas acidicola Itoh et al., 2007
- Thermoplasma acidophilum Darland et al., 1970
- Thermoplasma volcanium Segerer et al., 1988
- Thermoproteus neutrophilus Stetter and Zillig, 1989
- Thermoproteus tenax Zillig and Stetter, 1982
- Thermoproteus uzoniensis Bonch-Osmolovskaya et al., 2001
- Thermosphaera aggregans Huber et al., 1998
- Vulcanisaeta distributa Itoh et al., 2002
- Vulcanisaeta souniana Itoh et al., 2002
Reference
uredi- ^ a b v Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (1990). „Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 87 (12): 4576—9. Bibcode:1990PNAS...87.4576W. PMC 54159
. PMID 2112744. doi:10.1073/pnas.87.12.4576 .
- ^ Petitjean, C.; Deschamps, P.; López-García, P.; Moreira, D. (2014). „Rooting the Domain archaea by phylogenomic analysis supports the foundation of the new kingdom proteoarchaeota”. Genome Biol. Evol. 7 (1): 191—204. PMC 4316627 . PMID 25527841. doi:10.1093/gbe/evu274.
- ^ „NCBI taxonomy page on Archaea”.
- ^ Petrov 2005, str. 14–16.
- ^ a b Pace, N. R. (05. 01. 2006). „Time for a change”. Nature. 441 (7091): 289. Bibcode:2006Natur.441..289P. PMID 16710401. S2CID 4431143. doi:10.1038/441289a.
- ^ Stoeckenius, W. (10. 01. 1981). „Walsby's square bacterium: fine structure of an orthogonal procaryote”. J. Bacteriol. 148 (1): 352—60. PMC 216199 . PMID 7287626. doi:10.1128/jb.148.1.352-360.1981.
- ^ Dunn, Rob. „After 2 Years Scientists Still Can't Solve Belly Button Mystery, Continue Navel-Gazing”. Guest Blog. Scientific American. Pristupljeno 16. 01. 2013.
- ^ Staley, J. T. (2006). „The bacterial species dilemma and the genomic-phylogenetic species concept”. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 (1475): 1899—909. PMC 1857736 . PMID 17062409. doi:10.1098/rstb.2006.1914.
- ^ Zuckerkandl E, Pauling L (1965). „Molecules as documents of evolutionary history”. J. Theor. Biol. 8 (2): 357—66. Bibcode:1965JThBi...8..357Z. PMID 5876245. doi:10.1016/0022-5193(65)90083-4.
- ^ Woese C, Fox G (1977). „Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (11): 5088—90. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. PMC 432104 . PMID 270744. doi:10.1073/pnas.74.11.5088 .
- ^ Archaea. (2008). u Merriam-Webster Online Dictionary. Pristupljeno 1. jula 2008, na stranici http://www.merriam-webster.com/dictionary/archaea
- ^ Magrum LJ, Luehrsen KR, Woese CR (1978). „Are extreme halophiles actually "bacteria"?”. J Mol Evol. 11 (1): 1—10. Bibcode:1978JMolE..11....1M. PMID 660662. S2CID 1291732. doi:10.1007/bf01768019.
- ^ Stetter, K. O. (1996). „Hyperthermophiles in the history of life.”. Ciba Found Symp. 202: 1—10. PMID 9243007.
- ^ DeLong, E. F. (1998). „Everything in moderation: archaea as 'non-extremophiles'”. Current Opinion in Genetics & Development. 8 (6): 649—54. PMID 9914204. doi:10.1016/S0959-437X(98)80032-4.
- ^ Theron J, Cloete TE (2000). „Molecular techniques for determining microbial diversity and community structure in natural environments”. Crit. Rev. Microbiol. 26 (1): 37—57. PMID 10782339. S2CID 5829573. doi:10.1080/10408410091154174.
- ^ Schmidt, T. M. (2006). „The maturing of microbial ecology” (PDF). Int. Microbiol. 9 (3): 217—23. PMID 17061212. Arhivirano iz originala (PDF) 11. 09. 2008. g. Pristupljeno 21. 04. 2017.
- ^ Gevers D, Dawyndt P, Vandamme P (2006). „Stepping stones towards a new prokaryotic taxonomy”. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 (1475): 1911—6. PMC 1764938 . PMID 17062410. doi:10.1098/rstb.2006.1915.
- ^ a b Robertson CE, Harris JK, Spear JR, Pace NR (2005). „Phylogenetic diversity and ecology of environmental Archaea”. Current Opinion in Microbiology. 8 (6): 638—42. PMID 16236543. doi:10.1016/j.mib.2005.10.003.
- ^ Huber H, Hohn MJ, Rachel R, Fuchs T, Wimmer VC, Stetter KO (2002). „A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont”. Nature. 417 (6884): 27—8. Bibcode:2002Natur.417...63H. PMID 11986665. S2CID 4395094. doi:10.1038/417063a.
- ^ Barns SM, Delwiche CF, Palmer JD, Pace NR (1996). „Perspectives on archaeal diversity, thermophily and monophyly from environmental rRNA sequences”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 93 (17): 9188—93. Bibcode:1996PNAS...93.9188B. PMC 38617 . PMID 8799176. doi:10.1073/pnas.93.17.9188 .
- ^ Elkins JG, Podar M, Graham DE (01. 06. 2008). „A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 105 (23): 8102—7. Bibcode:2008PNAS..105.8102E. PMC 2430366 . PMID 18535141. doi:10.1073/pnas.0801980105 .
- ^ Baker, B. J.; Tyson, G. W.; Webb, R. I.; Flanagan, J.; Hugenholtz, P.; Banfield, J. F. (2006). „Lineages of acidophilic Archaea revealed by community genomic analysis. Science”. Science. 314 (6884): 1933—1935. Bibcode:2006Sci...314.1933B. PMID 17185602. S2CID 26033384. doi:10.1126/science.1132690.
- ^ Baker BJ, Comolli LR, Dick GJ (05. 01. 2010). „Enigmatic, ultrasmall, uncultivated Archaea”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107 (19): 8806—11. Bibcode:2010PNAS..107.8806B. PMC 2889320 . PMID 20421484. doi:10.1073/pnas.0914470107 .
- ^ Guy L, Ettema TJ (19. 12. 2011). „The archaeal 'TACK' superphylum and the origin of eukaryotes.”. Trends Microbiol. 19 (12): 580—587. PMID 22018741. doi:10.1016/j.tim.2011.09.002.
- ^ de, K. Queiroz (2005). „Ernst Mayr and the modern concept of species”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 102 (dodatak 1): 6600—7. Bibcode:2005PNAS..102.6600D. PMC 1131873 . PMID 15851674. doi:10.1073/pnas.0502030102 .
- ^ Eppley JM, Tyson GW, Getz WM, Banfield JF (2007). „Genetic exchange across a species boundary in the archaeal genus ferroplasma”. Genetics. 177 (1): 407—16. PMC 2013692 . PMID 17603112. doi:10.1534/genetics.107.072892.
- ^ Papke RT, Zhaxybayeva O, Feil EJ, Sommerfeld K, Muise D, Doolittle WF (2007). „Searching for species in haloarchaea”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 104 (35): 14092—7. Bibcode:2007PNAS..10414092P. PMC 1955782 . PMID 17715057. doi:10.1073/pnas.0706358104 .
- ^ Kunin V, Goldovsky L, Darzentas N, Ouzounis CA (2005). „The net of life: reconstructing the microbial phylogenetic network”. Genome Res. 15 (7): 954—9. PMC 1172039 . PMID 15965028. doi:10.1101/gr.3666505.
- ^ Hugenholtz, P. (2002). „Exploring prokaryotic diversity in the genomic era”. Genome Biol. 3 (2): REVIEWS0003. PMC 139013 . PMID 11864374. doi:10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003 .
- ^ Rappé MS, Giovannoni SJ (2003). „The uncultured microbial majority”. Annu. Rev. Microbiol. 57: 369—94. PMID 14527284. doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759.
- ^ de Duve, Christian (01. 10. 1995). „The Beginnings of Life on Earth”. American Scientist. Arhivirano iz originala 06. 06. 2017. g. Pristupljeno 15. 01. 2014.
- ^ Timmer, John (04. 09. 2012). „3.5 billion year old organic deposits show signs of life”. Ars Technica. Pristupljeno 15. 01. 2014.
- ^ Ohtomo, Yoko; Kakegawa, Takeshi; Ishida, Akizumi; Nagase, Toshiro; Rosing, Minik T. (08. 12. 2013). „Evidence for biogenic graphite in early Archaean Isua metasedimentary rocks”. Nature Geoscience. 7: 25—28. doi:10.1038/ngeo2025. Pristupljeno 09. 12. 2013.
- ^ Borenstein, Seth (13. 11. 2013). „Oldest fossil found: Meet your microbial mom”. AP News. Pristupljeno 15. 11. 2013.
- ^ Noffke, Nora; Christian, Daniel; Wacey, David; Hazen, Robert M. (08. 11. 2013). „Microbially Induced Sedimentary Structures Recording an Ancient Ecosystem in the ca. 3.48 Billion-Year-Old Dresser Formation, Pilbara, Western Australia”. Astrobiology. 13 (12): 1103—24. Bibcode:2013AsBio..13.1103N. PMC 3870916 . PMID 24205812. doi:10.1089/ast.2013.1030.
- ^ Schopf, J. (2006). „Fossil evidence of Archaean life”. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 (1470): 869—85. PMC 1578735 . PMID 16754604. doi:10.1098/rstb.2006.1834.
- ^ Chappe B, Albrecht P, Michaelis W (01. 07. 1982). „Polar Lipids of Archaebacteria in Sediments and Petroleums”. Science. 217 (4554): 65—66. Bibcode:1982Sci...217...65C. PMID 17739984. S2CID 42758483. doi:10.1126/science.217.4554.65.
- ^ Brocks JJ, Logan GA, Buick R, Summons RE (1999). „Archean molecular fossils and the early rise of eukaryotes”. Science. 285 (5430): 1033—6. Bibcode:1999Sci...285.1033B. PMID 10446042. doi:10.1126/science.285.5430.1033.
- ^ Rasmussen B, Fletcher IR, Brocks JJ, Kilburn MR (01. 10. 2008). „Reassessing the first appearance of eukaryotes and cyanobacteria”. Nature. 455 (7216): 1101—4. Bibcode:2008Natur.455.1101R. PMID 18948954. S2CID 4372071. doi:10.1038/nature07381.
- ^ Hahn, Jürgen; Haug, Pat (1986). „Traces of Archaebacteria in ancient sediments”. System Applied Microbiology. 7 (Archaebacteria '85 Proceedings): 178—83. doi:10.1016/S0723-2020(86)80002-9.
- ^ Wang M, Yafremava LS, Caetano-Anollés D, Mittenthal JE, Caetano-Anollés G (2007). „Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world”. Genome Res. 17 (11): 1572—85. PMC 2045140 . PMID 17908824. doi:10.1101/gr.6454307.
- ^ Woese CR, Gupta R (1981). „Are archaebacteria merely derived 'prokaryotes'?”. Nature. 289 (5793): 95—6. Bibcode:1981Natur.289...95W. PMID 6161309. S2CID 4343245. doi:10.1038/289095a0.
- ^ a b v Woese, C. (1998). „The universal ancestor”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (12): 6854—9. Bibcode:1998PNAS...95.6854W. PMC 22660 . PMID 9618502. doi:10.1073/pnas.95.12.6854 .
- ^ a b Kandler O.: The early diversification of life and the origin of the three domains: A proposal. u: Wiegel J, Adams WW, ur. Thermophiles: The keys to molecular evolution and the origin of life?, Athens: "Taylor and Francis", (1998). str. 19-31. Moracci, Marco; Rossi, Mose (1999). „Thermophiles: The keys to molecular evolution and the origin of life , edited by J. Wiegel and M.W.W. Adams. 1998. London: Taylor and Francis. 346 pp. £49.90 (Hardcover)”. Protein Science. 8 (7): 1564—1565. doi:10.1110/ps.8.7.1564.
- ^ Gribaldo S, Brochier-Armanet C (2006). „The origin and evolution of Archaea: a state of the art”. Philosophical Transactions of the Royal Society B. 361 (1470): 1007—22. PMC 1578729 . PMID 16754611. doi:10.1098/rstb.2006.1841. Arhivirano iz originala 04. 06. 2012. g. Pristupljeno 21. 04. 2017.
- ^ Woese, C. R. (01. 03. 1994). „There must be a prokaryote somewhere: microbiology's search for itself”. Microbiol. Rev. 58 (1): 1—9. PMC 372949 . PMID 8177167. doi:10.1128/mr.58.1.1-9.1994.
- ^ a b v Woese C, Fox G (1977). „Phylogenetic structure of the prokaryotic domain: the primary kingdoms”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 74 (11): 5088—90. Bibcode:1977PNAS...74.5088W. PMC 432104 . PMID 270744. doi:10.1073/pnas.74.11.5088 .
- ^ Howland 2000, str. 25–30
- ^ a b v Cavicchioli, Ricardo (01. 01. 2011). „Archaea- timeline of the third domain”. Nature Reviews Microbiology. 9 (1): 51—61. PMID 21132019. S2CID 21008512. doi:10.1038/nrmicro2482. Pristupljeno 05. 11. 2014.
Literatura
uredi- Petrov, Brigita (2005). „Klasifikacija organizama”. Biologija za drugi razred gimnazije prirodno-matematičkog smera. Beograd: ZUNS. str. 14—16.
- Howland, John L. (2000). The Surprising Archaea: Discovering Another Domain of Life. Oxford University. ISBN 978-0-19-511183-5.
- Cavicchioli, R. (2007). Archaea: Molecular and Cellular Biology. American Society for Microbiology. ISBN 978-1-55581-391-8.
- Garrett, R. A.; Klenk, H. (2005). Archaea: Evolution, Physiology and Molecular Biology. WileyBlackwell. ISBN 978-1-4051-4404-9.
- Martinko, J. M.; Madigan, M. T. (2005). Brock Biology of Microorganisms (11th izd.). Englewood Cliffs, N.J: Prentice Hall. ISBN 978-0-13-144329-7.
- Blum, P, ur. (2008). Archaea: New Models for Prokaryotic Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-27-1.
- Lipps, G. (2008). „Archaeal Plasmids”. Plasmids: Current Research and Future Trends. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-35-6.
- Sapp, Jan (2009). The New Foundations of Evolution: On the Tree of Life. New York: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-538850-3.
- Schaechter, M (2009). Archaea (Overview) in The Desk Encyclopedia of Microbiology (2nd izd.). San Diego and London: Elsevier Academic Press. ISBN 978-0-12-374980-2.
Spoljašnje veze
uredi
- Život u ekstremima, autor: Luka Mihajlović
- Ekstremofili, autorka: Danica Lukač, Novi Sad, 2005
- Introduction to the Archaea, ecology, systematics and morphology
- Archaea at The Encyclopedia of Astrobiology, Astronomy, & Spaceflight
- Extremophiles Bioprospecting for antimicrobials, Dr Sarah Maloney Архивирано на сајту Wayback Machine (23. април 2006) Citat: "...Ground breaking research on extremophiles continues to this day, with the recently-discovered 22nd genetically-encoded amino acid – pyrrolysine – from the archaeon, Methanosarcina barkeri, (Hao et al., 2002; Srinivasan et al., 2002)...."
- BBC News July 21, 1999: Toughest bug reveals genetic secrets Citat: "...It [Pyrococcus abyssi] likes conditions that the vast majority of other organisms would find impossible to live in. It thrives best at temperatures of about 103 degrees [Celsius] and under pressures of about 200 atmospheres...."
- Pyrococcus abyssi Home page at Genoscope