Svaki par u nokaut fazi, osim u finalu, igra dve utakmice, pri čemu svaki tim igra jednu utakmicu kod kuće. Tim koji postigne više golova u gostima na dve utakmice prolazi u narednu fazu. Ako je jednak rezultat, primenjuje se pravilo golova u gostima, tj. Tim koji postigne više golova u gostima ima prednost dva koraka u odnosu na onaj što je primio golove kući. Ako su i golovi u gostima jednaki, igraju se Produžeci. Pravilo gostujućih golova se ponovo primenjuje nakon produžetka, tj. Ako su postignuti golovi u produžetku i ukupan rezultat je u korist tima koji je stekao prednost golova u gostima, gostujući tim prolazi na osnovu više postignutih golova. Ako nijedan gol nije postignut u produžetku, pobednici se određuju kaznenim udarcem. U finalu, koji se igra na jedan meč, ako je rezultat na kraju regularnog dela utakmice jednak, igra se dodatno vreme tj. Produžeci, nakon čega slede penali, ako je rezultat još uvek jednak.
Mehanizam izvlačenja za svaku fazu je sledeći:
U izvlačenju za šesnaestinu finala, osvajači dvanaest grupa su povlašćeni kao i četiri ekipe koje su ispale iz Grupne faze Lige šampiona, a drugoplasirani su nepovlašćeni, kao i četiri tima koja su se pridružila iz Lige šampiona. Povlašćeni timovi igraju protiv nepovlašćenih timova timova. Timovi iz iste grupe ili iste lige ne mogu biti izvučeni i ne mogu igrati jedni protiv drugih.
U izvlačenju za osminu finala, četvrtfinale i polufinale, nema rangiranja (nosioca i nenosioca), a timovi iz iste grupe ili iste lige mogu biti izvučeni i mogu igrati jedni protiv drugih. Izvlačenja za četvrtfinale i polufinale se održavaju zajedno, pre nego što se igraju četvrtfinalne i polufinalne utakmice, ime pobednika četvrtfinala neće biti poznat u vreme polufinalnog izvlačenja. Takođe će se održati žreb za određivanje finalnih učesnika tj. koji će tim biti "domaćin" za finale (za administrativne svrhe jer se igra na neutralnom terenu).
Za osminu finala, četvrtfinale i polufinale, timovi iz istog grada (npr. Braga i Porto) za njih nije predviđeno da da igraju kod kući istog dana ili uzastopno, zbog logistike i kontrole gužve. Da bi se izbegao takav konflikt raspoređivanja, ako su dva tima izvučena da igraju kod kuće za istu etapu, redosled utakmica koje uključuju ekipu sa nižim domaćim rangom u kvalifikacionoj sezoni (npr. Braga za ovu sezonu).